应届毕业生档案存放在学校、就业市场、户籍地人才市场比较好。
1、学校，毕业就业后在学校任职的，档案还可放在学校，不过档案由学籍档案转化为人事档案。
2、就业单位，毕业就业后落实单位是国企、央企、事业单位等，档案肯定是存在就业单位保管的。
3、户籍地人才市场，毕业就业后落实单位是私企，或是干个体经营户，档案会存放在户籍地人才市场进行保管。档案工作实行统一领导、分级管理的原则，维护档案完整与安全，便于社会各方面的利用。
补办学籍档案的流程：
1、需要回到毕业学校，找档案管理部门的老师，咨询，并申请相关证明。
2、到学籍档案部门提交补办学籍档案材料的申请书，根据学校的要求和规定来填写补办申请书。
3、准备好补办学籍档案所需要的所有材料，然后全部带到相关部门申请办理。
4、补办部门的人核实了身份信息和上交的材料之后，会重新打印一份档案资料。
5、学校的档案管理部门或者市教育局的档案管理部门，会将补办好的档案重新进行审核一遍，审核没有问题的话，会进行统一的盖章封存。
未就业毕业生档案处理方法：档案转至生源地人才市场、档案暂存学校、第三方代理机构。
1、档案转至生源地人才市场
大部分离校未就业毕业生的档案，由高校通过邮政“EMS”快递转递至生源地人才市场。这种方式适合准备回生源地发展和暂时不想就业的毕业生。优点是将来就业后，办理各种档案手续简单方便，如果两年内选择考公务员或者进入编制单位，则需要重新办理报到证改派手续。
2、档案暂存学校
如果毕业时暂时没有就业，也没想好接下来是否考研，可以联系学校办理暂缓就业手续，办理之后就可以将档案暂时存放在学校管理。待将来个人职业规划稳定后，再将档案迁至工作单位所在地。
3、第三方代理机构
没有心仪的工作，也不想回生源地，学校又不受理档案留存，还时候可以选择第三方服务机构办理档案托管，这样比较适合灵活就业的毕业生，帮助解决眼前档案存放的难题。
管理机构
高校毕业生档案管理，可通过县以上党委组织部门和政府人事部门所属机构进行保管。人事档案在个人手中保存或在无档案管理权单位保存的，应凭就业报到证先到当地政府人事部门所属人才服务机构补办有关手续，完善档案材料，然后再将档案移交到人才市场，及时办理人事代理和档案托管相关证明。
按国家政策规定，组织、人事部门所属的各级人才交流机构具有资格保存大中专毕业生就业后的人事档案，各种私营民营企业、乡镇企业、中外合资、独资企业都无权管理员工的人事档案，一般由委托的各级人才交流机构托管。毕业生也可以以个人名义委托人才交流机构托管人事关系。
